车牌被套牌了又有违章，车主可向机动车登记地或违章所在辖区交警队报案申诉，以下是车牌被套牌又有违章的详细处理方法。
1、收集证据：尽可能收集保留有利于证明自己清白的证据，比如行车记录仪、停车位监控、各种停车小票、加油小票、高速小票等；
2、提出申诉：收集好上述证据后，带上跟车辆有关的所有手续，到机动车登记处或违章所在地交警队提出自己车辆被套牌了，提出申诉；
3、申请更换新车牌：套牌申诉成功后，为了避免不必要的麻烦，应当及时更换车牌号，让交警部门给你出具一个证明，然后拿着证明去机动车登记处办理手续，申领新车牌。
总而言之，车辆被套牌了可以通过上述方式报案，即收集证明自己清白的证据，然后拿着收集到的证据交到机动车登记处，或违章所在地交警部门报案。
根据规定，交警部门通过交通违法证据照片比对，发现套牌车违章跟被套牌车存在明显特征不符，或报案人提供证据证明车辆被套牌，且交警部门核实材料证据真实可靠，将撤销车辆套牌期间的违章记录，并将套牌车牌号录入公安管理系统，追查套牌车辆。
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尽量减少车辆被套牌的方法
1、定期查看自己车辆的交通违法记录，发现可疑的交通违法行为记录时，及时去核实清楚；
2、车辆或车牌被盗、丢失等，及时前往车管所备案；
3、发现被套牌时，及时报案，并收集保留对自己有利的证据，比如行车记录仪、小区监控等；
4、发现车辆被套牌时，及时更换新车牌。
