在应急车道上行驶并不会扣除12分，但这确实是一种违反交通法规的行为。根据《道路交通安全法》规定，如果在非紧急情况下在应急车道上行驶或停车，并被高速交通警察当场拍照录像取证，那么将被认定为非法占用应急车道违章行为，对此将会处以200元的罚款并扣6分，并要求整改。罚款必须在15天内缴清，否则将按3%的滞纳金进行累计。
值得注意的是，应急车道是一条特殊的车道，除了禁止车辆在其上行驶外，还有其他一些限制行为：
1、在匝道、加速车道或减速车道上超车是不允许的。
2、倒车、逆行、穿越中央分隔带掉头或在车道内停车都是禁止的。
3、试车或学习驾驶机动车也不可在应急车道进行。
4、骑、轧车行道分界线或在路肩上行驶同样是不允许的。
当然，在特殊情况下（例如车辆抛锚无法解决等紧急情况），可以在应急车道上停车或行驶，但必须开启危险报警闪光灯，并在车后方150米处设置警告标志。
此外，在夜间、雨天、雾天等恶劣天气条件下，还应同时开启示廓灯、尾灯和后雾灯。其他道路使用者需要撤离道路，并前往安全地点躲避，必要时可以拨打高速交警救助电话12122请求支援。
